Cercetările arheologice au dovedit că teritoriul actual al judeţului Harghita a fost locuit încă din neoliticul timpuriu (5500-5300 î.Hr.). Descoperirile arheologice de la Mereşti, Topliţa, Remetea, Miercurea Ciuc, Odorheiu Secuiesc, Sâncrăieni etc. atestă prezenţa unor culturi caracteristice neoliticului - Criş, Boian, Precucuteni, Ariuşd.
Din perioada de tranziţie la epoca bronzului există urme ale populaţiei tracice la Sânmartin, Leliceni, Cristuru Secuiesc, aparţinând culturii Coţofeni, iar din epoca bronzului datează obiecte descoperite în arealele localităţilor Suseni, Jigodin ş.a. (topoare, obiecte de podoabă, ceramică bogat ornamentată). Relaţii cu lumea miceniană sunt atestate de săbiile de bronz de tip micenian descoperite la Aluniş şi Inlăceni.
Din prima epocă a fierului - Hallstatt (1.200-450/300 î.Hr.) - datează aşezările dacice de la Mugeni şi Sâncrăieni, iar din a doua epocă a fierului (secolele V î.Hr.- I d.Hr.) datează un număr mare de aşezări, cu un sistem de cetăţi şi fortificaţii, aşa cum se păstrează astăzi în localităţile Zetea, Jigodin, Racu, Tuşnad, Odorheiu Secuiesc, Porumbenii Mari. La Sâncrăieni a fost descoperit un tezaur dacic de argint din secolul I î.Hr.
După cucerirea unei părţi a Daciei de către romani, o bună parte a actualului judeţ Harghita a intrat în componenţa provinciei Dacia romană, fapt atestat şi de existenţa castrelor de la Inlăceni, Odorheiu Secuiesc, Sânpaul (limes-ul din partea de nord-est, care trecea prin mijlocul actualului judeţ), în timp ce depresiunile Ciucului, Gheorghenilor, Casinului au fost locuite în continuare de către dacii liberi. După retragerea armatelor şi a administraţiei romane din Dacia (271/275 d.Hr.) populaţia autohtonă daco-romană a continuat să locuiască neîntrerupt pe aceste locuri şi în secolele următoare, organizată în obşti săteşti. În secolele VII-VIII această populaţie autohtonă românească convieţuieşte cu triburi slave care pătrund prin trecătorile carpatice, conform descoperirilor din aşezări identificate în arealele localităţilor Şimoneşti, Filiaşi, Cristuru Secuiesc etc. În secolele IX-X pe teritoriul Transilvaniei existau cnezate şi voievodate, conduse de cnezi şi voievozi.
Transilvania este cucerită de maghiari după lupte care au durat între secolele XI-XIII. Regii maghiari sunt nevoiţi însă să accepte pentru Transilvania statutul de autonomie politică, păstrat pe tot parcursul Evului Mediu şi reflectat în păstrarea instituţiei existente aici dinaintea cuceririi - voievodatul, voievodul depinzând însă de Coroana Ungariei. Din secolul al XII-lea în Transilvania sunt constituite comitate, dar în paralel cu acestea au continuat să existe cnezate şi uniuni de obşti ale românilor.
În secolele XII-XIII Coroana maghiară i-a colonizat în Transilvania pe saşi şi pe secui, în scopul apărării graniţelor şi a teritoriilor stăpânite de ea, respectiv al stimulării dezvoltării economice. Secuii au fost aşezaţi în Bihor, pe Mureş, pe Târnave, în Subcarpaţii răsăriteni. Secuii s-au stabilit în Depresiunea Ciuc alături de populaţia românească. Documentele scrise amintesc de existenţa unor localităţi româneşti (Villa nostra "regis" Olachalis, azi Vlăhiţa; Villa Olachalis, azi Odorheiu Secuiesc) în 1301, precum şi faptul că românii au apărat trecătorile carpatice, în 1241, împreună cu secuii (siculi) împotriva invaziei tătarilor.
La sfârşitul secolului al XIV-lea organizarea administrativ-teritorială a Transilvaniei cuprindea: comitatele, districtele româneşti, scaunele (termen derivat de la "scaunul de judecată" - Sedes judiciaria) saşilor şi secuilor.
Rostul precumpănitor militar al secuilor în toată perioada Evului Mediu a influenţat puternic dezvoltarea lor socială, jucând un rol decisiv în păstrarea unei puternice ţărănimi libere. Totuşi, în prima jumătate a secolului al XIV-lea, în secuime apar semnele unei stratificări sociale. Regele Ungariei Matei Corvin a reglementat raporturile dintre diferitele pături ale societăţii secuieşti. Din această perioadă este socotită de istorici consemnarea în acte oficiale a libertăţilor secuieşti, libertăţi decurgând din obligaţiile militare ale comunităţii. Secuii au participat sub comanda voievodului Transilvaniei la luptele antiotomane din Ţara Românească conduse de Mircea cel Bătrân. Ei a fost prezenţi apoi, alături de români, în aproape toate campaniile conduse de Iancu de Hunedoara. Dieta din 20 iunie 1562 de la Sighişoara a adoptat hotărâri care au dus la accentuarea procesului de aservire a secuilor.
După transformarea unei părţi din Ungaria în paşalâc turcesc (1541), Transilvania devine principat autonom sub suzeranitate otomană.
Sub comanda voievodului Mihai Viteazul, secuii au participat la confruntarea cu oştile otomane conduse de Sinan Paşa, în luptele de la Târgovişte, Brăila, Bucureşti, Giurgiu. Angajat în politica sa antiotomană, Mihai Viteazul a luat, în 1599, iniţiativa înlăturării principelui Transilvaniei Andrei Bathory. În bătălia de la Şelimbăr (18 octombrie 1599) oastei lui Mihai Viteazul i s-au alăturat 2.000 de secui conduşi de Moise Szekely. Andrei Bathory este prins şi ucis de secui. Printre măsurile pe care Mihai Viteazul le-a luat ulterior în Transilvania s-a numărat şi întărirea vechilor libertăţi ale secuilor.
Populaţia din judeţul Harghita a avut de suferit de pe urma deselor incursiuni tătare şi turceşti din a doua jumătate a secolului al XVII-lea.
După ce în Transilvania s-a instaurat dominaţia habsburgică, la sfârşitul secolului al XVII-lea, autonomia principatului a fost tot mai mult îngrădită. Poziţia dominantă în societate o au acum nobilimea maghiară, patriciatul săsesc şi fruntaşii secuilor, singurele recunoscute ca ''naţiuni constituţionale", în timp ce populaţia românească, majoritară, este considerată "tolerată".
Populaţia din Harghita s-a alăturat şi ea, în anii 1703-1711, războiului de eliberare antihabsburgic condus de Francisc Rakoczi al II-lea, război la care au luat parte români şi maghiari deopotrivă.
Urmare a ciumei, secetei şi foametei din anii 1717-1719, aproape o jumătate dintre locuitori judeţului Harghita şi-au pierdut viaţa.
La 7 ianuarie 1764, împotriva secuilor care refuzau să se înroleze în regimentele de graniţă ale Imperiului habsburgic au fost trimise corpuri expediţionare, confruntările soldându-se, la Siculeni, cu un mare măcel (peste 500 de victime), eveniment rămas în istorie sub numele de ''Siculicidium''.
Răscoala condusă de Horea, Cloşca şi Crişan a avut ecou şi în părţile Ciucului, Gheorghenilor şi în Odorhei, semnalându-se frământări în mai multe sate - Lunca de Jos, Lunca de Sus, Frumoasa, Remetea, Tulgheş, Bilbor ş.a. La sfârşitul secolului al XVIII-lea şi începutul secolului al XIX-lea au avut loc noi mişcări antihabsburgice, precum cele din Ciuc şi Odorhei.
În această perioadă în oraşe şi târguri se formează o pătură de meşteşugari şi negustori, unită apoi în puternice bresle. Schimburile de mărfuri se făceau cu zonele învecinate, inclusiv cu Moldova (prin pasurile Pângăraţ, Ghimeşului, Tulgheş). Produsul cel mai căutat cu care locuitorii din Harghita făceau comerţ era lemnul, iar din Moldova se aduceau bovine, cai, ovine.
Exploatarea sării şi a zăcămintelor de fier are în aceste părţi o veche tradiţie. Salinele de la Praid, cunoscute de pe vremea romanilor, erau vestite în toată Transilvania. Din secolul al XVIII-lea începe exploatarea zăcămintelor de cupru la Bălan. O altă bogăţie naturală a acestor meleaguri, cunoscută din vremuri îndelungate, sunt apele minerale, care încă din secolul al XIX-lea erau transportate până în Moldova şi în alte zone din interiorul şi din afara ţării, ajungând chiar până la Viena sau în Anglia.
În timpul Revoluţiei de la 1848-1849, puternice mişcări antihabsburgice au loc în oraşul Miercurea Ciuc, unde grănicerii sunt chemaţi să refuze ordinele primite de la comandantul habsburgic. În octombrie 1848, după adunarea secuilor de la Lutiţa, s-a trecut la organizarea armatei revoluţionare, care s-a unit ulterior cu armata condusă de generalul Bem.
Industria de prelucrare a lemnului începe să se dezvolte aici în a doua jumătate a secolului al XIX-lea, prin exploatarea pădurilor din masivele Călimani, Ciuc şi Harghita. Totuşi regiunea Harghitei era mai puţin industrializată decât restul Transilvaniei, ca atare mulţi locuitori s-au stabilit în Bucureşti sau în alte oraşe din regatul României, iar alţii au emigrat peste Ocean. După construirea căii ferate Reghin-Miercurea Ciuc, în primul deceniu al secolului XX industria de cherestea cunoaşte o permanentă dezvoltare pe văile Mureşului şi Oltului (în 1909 erau 9 fabrici de cherestea, iar în 1927 - 53).
La Marea Adunare Naţională de la Alba Iulia din 1 decembrie 1918 au fost trimişi delegaţi din mai multe localităţi ale actualului judeţului Harghita. După Unirea din 1918, în baza noilor legi de organizare politico-administrativă, teritoriul ţării a fost împărţit în judeţe şi plase, în perimetrul actualului judeţ Harghita existând judeţele Odorhei şi Ciuc. Această formă de organizare s-a menţinut până în 1950, când teritoriul României a fost împărţit în regiuni şi raioane, atunci actualul judeţ fiind cuprins în regiunea Mureş.
Prin adoptarea Legii nr. 2 din 17 februarie 1968 referitoare la organizarea administrativă a teritoriului României a fost înfiinţat judeţul Harghita, cu reşedinţa la Miercurea Ciuc. Astăzi judeţul are patru municipii: Miercurea Ciuc, Gheorgheni, Odorheiu Secuiesc şi Topliţa. Printre oraşe se numără Băile Tuşnad, Bălan, Borsec, Cristuru Secuiesc, Vlăhiţa. AGERPRES/(Documentare - Ruxandra Bratu; editor: Marina Bădulescu)