Gligorov a devenit președinte în ianuarie 1991, atunci când Macedonia era încă o republică iugoslavă. El și-a condus conaționalii către un referendum, la care macedonenii au votat pentru independența teritoriului de 2,1 milioane de locuitori, evitând astfel conflictul sângeros care a destrămat fosta Iugoslavie în anii 1990.

Kiro Gligorov a supraviețuit unei tentative de asasinat în octombrie 1995. El a suferit însă răni la cap și și-a pierdut un ochi, rămânând cu o cicatrice adâncă pe tot parcursul vieții deasupra ochiului drept. Autorii acestei tentative de asasinat nu au fost arestați nici până în prezent, iar ancheta a făcut mici progrese în anii ce au urmat atacului.

Născut în orașul macedonean Stip /centrul țării/ la 3 mai 1917, Gligorov, considerat un om de o mare integritate, a fost primul președinte ales democratic al Macedoniei pentru două mandate consecutive, din ianuarie 1991 pana în noiembrie 1999.

Primele zile ale președinției sale au fost umbrite de o dispută cu Grecia, vecinul din sud al Macedoniei, asupra numelui noii republici independente - o dispută care continuă și astăzi. Atena blochează din 1991 recunoașterea internațională a Macedoniei, considerând că acest nume aparține exclusiv patrimoniului său istoric național. Sub președinția lui Gligorov, Macedonia a devenit membră a Națiunilor Unite, dar sub numele de Fosta Republică Iugoslavă a Macedoniei, ca urmare a opoziției Greciei.

Pe perioada mandatelor sale, Kiro Gligorov s-a confruntat cu tulburări interne, cu presiuni din partea minorității etnice albaneze pentru o mai mare autonomie culturală și politică. La doi după încheierea celui de-al doilea mandat al său, aceste tulburări au degenerat într-un război civil între guvern și insurgenții albanezi, care a durat din martie 2001 până în iunie 2001. Cele două părți au semnat în cele din urmă la 13 august 2001 un acord de pace /Acordul de la Ohrid/, sub mediere internațională, prin care guvernul a acordat mai multă putere politică părții albaneze, iar aceasta s-a angajat să renunțe la intențiile secesioniste și să respecte toate instituțiile statului macedonean. AGERPRES